Kismarja Hajdú-Bihar megye keleti csücskében, a magyar-román határ mentén Debrecentől 36 km-re, Berettyóújfalutól 33 km-re, Biharkeresztestől 20 km-re helyezkedik el. Félreeső tipikus szigettelepülés. A falu, a szilágysági dombok közül kilépő, majd számtalan ágra bomló, itt-ott mocsárrá szélesedő Berettyó folyó, egy nem túlságosan nagy szigetén alakult ki.